Ajax geniet in de tweede ronde KNVB beker 2006-2007 een beschermde status. Ajax kan niet loten tegen ploegen die Europees voetbal spelen (PSV, FC Groningen, AZ, Feyenoord, SC Heerenveen) en de twee ploegen die de Intertoto play-off finale speelden (Vitesse en FC Twente). Vanaf de 3e ronde is er een open loting. In de eerste ronde spelen 48 amateurverenigingen om 24 plaatsen in de 2e ronde. De 38 betaald voetbalorganisaties en de 2 beloftenteams (Jong AZ en Jong RKC) stromen de 2e ronde in.
Indien in de 2e ronde een amateurvereniging en een betaald voetbalclub tegen elkaar uitkomen, heeft de amateurvereniging daarbij altijd het thuisrecht. De finale wordt op zondag 6 mei om 18.00 uur ,op een door de KNVB te bepalen locatie gespeeld. Het bestuur betaald voetbal behoudt zich echter de vrijheid om de finale in een uit- en thuiswedstrijd op een nader te bepalen datum te laten spelen. Talpa zendt de bekerduels uit.
